El programa del Encuentro se divide en cinco bloques. El primero analizará los factores que influyen en la necesidad de transitar hacia sistemas más sostenibles. El segundo, centrado en la importancia del suelo en la transición agroecológica, analizará las estrategias para introducir micorrizas en los cultivos mediterráneos y subtropicales, la biodesinfección de suelos y las posibilidades de los biofungicidas y bioestimulantes para el control biológico de enfermedades vegetales. La primera jornada concluirá con un bloque de ponencias dedicadas al papel de la biodiversidad en la estabilidad de los agrosistemas.
El segundo día se abrirá con un amplio bloque dedicado al manejo de plagas y enfermedades en cultivos subtropicales, en el que participarán importantes expertos en el uso de semioquímicos para el control de plagas, las estrategias de control biológico en cultivos subtropicales y el manejo de la biodiversidad en el cultivo del aguacate.
Por último, el Encuentro se cerrará con un bloque dedicado a las estrategias para una transición fitosanitaria en cítricos, frutales y hortalizas. Además, La sanidad vegetal en cultivos mediterráneos y subtropicales. Retos ante una transición agroecología pretende abrir un gran diálogo sobre las dificultades y oportunidades de esta transición desde la perspectiva fitosanitaria, tanto a nivel técnico teórico como práctico. Por ello, el tercer día se han programado visitas a fincas de aguacates, mangos y plátanos en las que se han realizado experiencias exitosas hacia nuevos modelos de producción y de control fitosanitario.